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Eukulele：无斑点真核微生物的分类学注释
EUKulele: Taxonomic annotation of the unsung eukaryotic microbes
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论文摘要
对微生物物种生物多样性的评估在生态学和进化生物学中至关重要（Reaka-Kudla等，1996），但对于在环境中发现的微生物社区尤其具有挑战性（Das等，2006，Hillebrand等，2018）。除了提供海洋中的生物体人口普查外，评估海洋微生物生物多样性还可以揭示微生物如何应对环境变化（Salazar等人，2017年），还阐明了社区成员的生态作用（Hehemann等人，2016年），并导致生物技术发现（Das等人，2006年）。根据环境序列数据集的可用数据质量来表征分类多样性和系统发育的计算方法对于促进我们对这些生物在环境中的作用的理解的基础。更加紧迫的是需要全面，一致的方法将分类法分配给与环境相关的微生物真核生物。在这里，我们提出了Eukulele，这是一种开源软件工具，旨在将分类法分配给在元样本中检测到的微核素，并通过容纳组装输出并提供具体指标来报告每个样品的分类学完整性，从而在其他域中使用补体分析方法。
The assessment of microbial species biodiversity is essential in ecology and evolutionary biology (Reaka-Kudla et al. 1996), but especially challenging for communities of microorganisms found in the environment (Das et al. 2006, Hillebrand et al. 2018). Beyond providing a census of organisms in the ocean, assessing marine microbial biodiversity can reveal how microbes respond to environmental change (Salazar et al. 2017), clarify the ecological roles of community members (Hehemann et al. 2016), and lead to biotechnology discoveries (Das et al. 2006). Computational approaches to characterize taxonomic diversity and phylogeny based on the quality of available data for environmental sequence datasets is fundamental for advancing our understanding of the role of these organisms in the environment. Even more pressing is the need for comprehensive and consistent methods to assign taxonomy to environmentally-relevant microbial eukaryotes. Here, we present EUKulele, an open-source software tool designed to assign taxonomy to microeukaryotes detected in meta-omic samples, and complement analysis approaches in other domains by accommodating assembly output and providing concrete metrics reporting the taxonomic completeness of each sample.
